클러스터에 속해있는 여러대의 컴퓨터를 같은 상태로 설정하기위해 같은 작업을 반복해야 할 경우가 있다. 이같이 같은 작업을 반복해 진행하는 것이 지루하기도 하지만, 실수가 발생할 가능성도 높다. 여러개의 컴퓨터에 같은 명령을 전달해 수행토록하게 하는 기구로 cluster ssh 가 있다. 여기서는 macOS에서 cluster ssh를 설치하여 cluster에 속한 컴퓨터를 동시에 설정하는 방법에 대해 정리하였다. 1. 클러스터 ssh 설치 먼저… Read More »
1. AIIDA 를 사용하여 단위정 설정하기 1.1 무결함 단위정 만들기 aiida-core 내의 StructureData 클라스를 이용해 결정 단위정을 설정할 수가 있다. 예로서 Diamond Cubic 구조를 가지며, cubic unit cell 내에 8개의 원자가 있는 Si 단위셀을 만들어 보자. 결정구조를 만들려면 먼저 관련 패키지를 import 해야한다 import numpy as np from aiida.orm import StructureData Si의 경우는 aLat =… Read More »
대표적인 Single Board Computer(SBC) 인 라즈베라파이 CM4를 구매하여 시스템을 꾸며 보았다. CM4 는 32 GB eMMC Flash memory 가 내장되어 있어 OS (ubuntu) 를 설치할 수 있으나 용량이 적어 다른 앱을 설치하거나 사용 데이타가 커지면 금방 디스크가 차게 된다. 이를 극복하기 위해 캐리어 보드에 M.2 ssd를 설치하고 M.2 디스크에서 부팅하게 하는 방법을 정리하였다. 1. eMMC… Read More »
여기서는 ubuntu 22.04 에 aiida-quantumespresso 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-core에도 설치방법이 자세히 나와 있으나 직접 설치하며 겪었던 시행착오를 포함하여 작성하여 추후 다시 설치할 떄 참고하고자 한다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. aiida-core 설치 2.1 필요한 패키지 선설치 다음과 같은 명령을… Read More »
To be updated Reference How do I convert my linux disk from MBR to GPT with UEFI? GParted: Convert MBR to GPT without Data Loss Step by Step
Ubuntu 20.04 에서 Crystal 언어용 kernel을 Jupyter에 설치하는 방법을 정리하였다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 1. Crystal language pkg 설치 Crystal language pkg를 설차하는 방법에 대해서는 "Install On Ubuntu" 에 잘나와 있다. # sudo apt install libssl-dev libxml2-dev libyaml-dev libgmp-dev libz-dev -y # sudo snap install crystal –classic… Read More »
Jupyter에 gnuplot kernel을 설치하는 방법을 간단히 정리한다. 먼저 python 3, pip을 설치하고 유저 jupyter 디렉토리에 jupyter notebook을 설치하자. 설치 방법은 다른 포스투에 나와 있으니 참조하기 바란다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 우분투에 gnuplot kernel을 설치하는 경우 먼저 gnuplot pkg를 설치한다. # sudo apt install gnuplot -y 그리고 다음의… Read More »
Jupyter에 Fortran kernel을 설치하면, jupyter notebook을 사용하여 fortran을 연습할 수 있다. 여기서는 Fortan kernel을 설치하는 방법을 간단히 정리한다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 Ubuntu에서 gfortran compiler를 사용하려면 다음과 같이 먼저 gfortran과 git을 설치한다. # sudo apt install gfortran git 그리고 jupyter로 로그인한다. # su – jupyter # cd… Read More »
데스크탑 공유 프로그램을 사용하면 집에 있는 컴퓨터에서 회사에 있는 내 컴퓨터에 접속하여 집에서도 마치 회사에 있는 컴퓨터를 그 컴퓨터 모니터 앞에서 작업하는 것과 같이 사용할 수 있다. 그러나 대부분의 경우 사이버 보안을 위해 회사 intranet 주위에 방화벽이 설치되어 있으며 몇개의 포트외에는 대부분 막혀있어 리모트 데스크탑을 사용하기가 어려운 경우가 많다. 하지만 만약 ssh (secure shell) 포트(22)가… Read More »
update: 10/12/2023 0. 준비 클러스터에 slurm을 설치할 때 munge도 같이 설치되는데 munge는 서버-노드 간 인증과 관련된 프로그램이다. munge 프로그램 실행 시 사용자 munge 가 권한을 갖고 프로그램을 실행하게 된다. 각 노드 컴퓨터에서 사용자는 계정을 만들 때 부여된 고유의 번호로 구분되는데 만약 각 노드에 만들어진 munge 사용자가 다른 고유번호를 갖고 있으면 서로 정보를 주고 받을 때… Read More »