여기서는 ubuntu 22.04 에 aiida-quantumespresso 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-core에도 설치방법이 자세히 나와 있으나 직접 설치하며 겪었던 시행착오를 포함하여 작성하여 추후 다시 설치할 떄 참고하고자 한다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. aiida-core 설치 2.1 필요한 패키지 선설치 다음과 같은 명령을… Read More »
jupynotex style package를 사용하면 Jupyter notebook을 LaTeX 문서에 포함시킬 수 있다. 절차 먼저 LaTeX 문서에 pkg를 불러온다 \usepackage{jupynotex} \usepackage{minted} 그리고 tex 파일 내 jupyter notebook을 삽입하려고 하는 위치에 다음의 명령어를 넣어준다. \jupynotex[2-5,12,17]{j_notebook.ipynb}
수퍼셀 (supercell) 만들기 결정의 구조는 나타내는 단위셀 내에는 보통 수개 ~ 십여개의 원자가 포함된다. 고체 내에 생성된 결정결함의 생성 에너지를 계산하기 위해서는 원자가 수십 \~ 수백 개가 포함되어 있는 셀에 대해 에너지를 계산해야 할 필요가 있는데 이렇게 많은 수의 원자가 포함하는 셀을 수퍼셀(super cell)이라고 한다. 수퍼셀은 기본적으로 unit cell을 이동벡터 방향으로 적층하려 만들 수가 있는데… Read More »
Ubuntu 20.04 에서 Crystal 언어용 kernel을 Jupyter에 설치하는 방법을 정리하였다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 1. Crystal language pkg 설치 Crystal language pkg를 설차하는 방법에 대해서는 "Install On Ubuntu" 에 잘나와 있다. # sudo apt install libssl-dev libxml2-dev libyaml-dev libgmp-dev libz-dev -y # sudo snap install crystal –classic… Read More »
Jupyter에 gnuplot kernel을 설치하는 방법을 간단히 정리한다. 먼저 python 3, pip을 설치하고 유저 jupyter 디렉토리에 jupyter notebook을 설치하자. 설치 방법은 다른 포스투에 나와 있으니 참조하기 바란다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 우분투에 gnuplot kernel을 설치하는 경우 먼저 gnuplot pkg를 설치한다. # sudo apt install gnuplot -y 그리고 다음의… Read More »
Jupyter에 Fortran kernel을 설치하면, jupyter notebook을 사용하여 fortran을 연습할 수 있다. 여기서는 Fortan kernel을 설치하는 방법을 간단히 정리한다. 전제조건 ubuntu 20.04 python3 가 설치됨 jupyter notebook을 jupyter 사용자 계정이에 설치 Ubuntu에서 gfortran compiler를 사용하려면 다음과 같이 먼저 gfortran과 git을 설치한다. # sudo apt install gfortran git 그리고 jupyter로 로그인한다. # su – jupyter # cd… Read More »
Jupyter notebook에서 R을 실행하려면 다음과 같이 R kernel을 먼저 설치하여야 한다. 1. R 설치 먼저 freebsd 에 jupyter를 설치한다. 그리고 다음의 명령어로 R을 설치한다. # pkg update && pkg upgrade # pkg install R 2. git 설치 다음의 명령어로 git 를 설치한다. # pkg install bash # pkg install git 3. IRkernel 설치 Terminal /Shell에서… Read More »
Ubuntu 20.4에 jupyterlab을 설치하는 절차를 정리하였다. Web에 이미 여러 사람들이 설치과정을 발표해 놓았으니 인터네 검색을 통해 더 잘 정리되어 있는 순서를 찾아볼 수도 있겠다. 여기에는 본인이 TrueNAS Virtual Machine에 Ubuntu 20.4를 설치하고 jupyterlab을 설치한 과정을 정리하여 나중에 재설치를 하여야 할 때 참고하기 위해 정리해 놓았다. 1. Ubuntu 업데이트 # sudo apt update # sudo apt… Read More »
FreeNAS에 jupyter notebook을 설치하는 방법에 대해 정리하였다. 이 설치 방법은 Daniel Curtis 가 작성한 Install Jupyter Notebook on FreeBSD 에 기초하여 작성하였다. 1. FreeNAS에 Jail 설치 1) 먼저 FreeNAS 메뉴얼을 참조하여 jail을 설치한다. 2) 설치한 Jail로 login 한다. jail이 설치된 FreeBSD에서 테미날 앱을 실행시킨 후, 터미날에서 # jls 를 실행하여 설치된 jail list를 확인한 후,… Read More »