클러스터에 속해있는 여러대의 컴퓨터를 같은 상태로 설정하기위해 같은 작업을 반복해야 할 경우가 있다. 이같이 같은 작업을 반복해 진행하는 것이 지루하기도 하지만, 실수가 발생할 가능성도 높다. 여러개의 컴퓨터에 같은 명령을 전달해 수행토록하게 하는 기구로 cluster ssh 가 있다. 여기서는 macOS에서 cluster ssh를 설치하여 cluster에 속한 컴퓨터를 동시에 설정하는 방법에 대해 정리하였다. 1. 클러스터 ssh 설치 먼저… Read More »
1. AIIDA 를 사용하여 단위정 설정하기 1.1 무결함 단위정 만들기 aiida-core 내의 StructureData 클라스를 이용해 결정 단위정을 설정할 수가 있다. 예로서 Diamond Cubic 구조를 가지며, cubic unit cell 내에 8개의 원자가 있는 Si 단위셀을 만들어 보자. 결정구조를 만들려면 먼저 관련 패키지를 import 해야한다 import numpy as np from aiida.orm import StructureData Si의 경우는 aLat =… Read More »
대표적인 Single Board Computer(SBC) 인 라즈베라파이 CM4를 구매하여 시스템을 꾸며 보았다. CM4 는 32 GB eMMC Flash memory 가 내장되어 있어 OS (ubuntu) 를 설치할 수 있으나 용량이 적어 다른 앱을 설치하거나 사용 데이타가 커지면 금방 디스크가 차게 된다. 이를 극복하기 위해 캐리어 보드에 M.2 ssd를 설치하고 M.2 디스크에서 부팅하게 하는 방법을 정리하였다. 1. eMMC… Read More »
여기서는 ubuntu 22.04 에 aiida-quantumespresso 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-core에도 설치방법이 자세히 나와 있으나 직접 설치하며 겪었던 시행착오를 포함하여 작성하여 추후 다시 설치할 떄 참고하고자 한다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. aiida-core 설치 2.1 필요한 패키지 선설치 다음과 같은 명령을… Read More »
Quantum Espresso를 이용해 NiO 같은 물질의 DFT+U+V (Dudarev) 계산을 하기위해서는 pw.x 계산 input 으로 다음과 같은 parameters 를 설정하여야 한다. 자세한 계산과정은 youtube의 DFT+U+V tutorial을 참조하도록하자. . . &SYSTEM . . nspin = 2 lda_plus_u = .true. lda_plus_u_kind = 2 hubbard_v(1,1,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(2,2,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(3,3,1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(2) = 1.0000E-10… Read More »
Quantum Espresso를 이용해 NiO 같은 물질의 DFT+U 계산을 하기위해서는 pw.x input 으로 다음의 항목을 포한시켜야 한다. . . &SYSTEM lda_plus_u = .true. lda_plus_u_kind = 0 starting_magnetization(1) = 1.0000000000d+00 starting_magnetization(2) = -1.0000000000d+00 hubbard_u(1) = 1.000E-08 hubbard_u(2) = 1.000E-08 u_projection_type = 'atomic' . . ATOMIC_SPECIES Ni1 58.6934 ni_pbe_v1.4.uspp.F.UPF Ni2 58.6934 ni_pbe_v1.4.uspp.F.UPF O 15.9994 O.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF hubbard_u(1),hubbard_u(2) 에서 1,2… Read More »
LaTeX 을 사용하여 다양한 형식의 문서를 작성할 수 있는데, 책 모양의 문서를 작성하는 것에도 사용할 수 있다. 여러가지 책 형태 중 Tufte 양식에 기반을 둔 Kao 책양식에서 사용되는 명령어를 간단히 정리한다. Kao 양식대한 자세한 설명은 github kaobook site 에서 볼수 있다. 1. Commends 사용되는 명령어를 간단히 정리해 보자면 1.1 Notes Sidenotes \sidenote[mark][offset]{Text} \sidenote[][*-1]{Text of the… Read More »
jupynotex style package를 사용하면 Jupyter notebook을 LaTeX 문서에 포함시킬 수 있다. 절차 먼저 LaTeX 문서에 pkg를 불러온다 \usepackage{jupynotex} \usepackage{minted} 그리고 tex 파일 내 jupyter notebook을 삽입하려고 하는 위치에 다음의 명령어를 넣어준다. \jupynotex[2-5,12,17]{j_notebook.ipynb}
To be updated Reference How do I convert my linux disk from MBR to GPT with UEFI? GParted: Convert MBR to GPT without Data Loss Step by Step
LaTex/Tex 팡리을 이북으로 변환하는 방법에 대해 정리한다. 1. 선설치 소프트웨어 다음의 소프트웨어를 설치한다. texlive, miktex, MacTeX 같은 TeX 텍스트 프로세서 Calibre 이북 메니저 2. tex 파일을 html 로 변환 먼저 oblivoir 다큐먼트 글래스를 사용하여 latex 한글 파일을 작성한다. 파일 이름이 test.tex 이라고 하자. 그리고 latex 파일을 수정한다. 수정전 \documentclass[14pt,chapter,a4papers]{oblivoir} 수정후 \documentclass[lwarp,lwarpoption={mathjax}]{oblivoir} 그리고 test.tex 파일이 있는… Read More »