update: 10/12/2023 0. 준비 클러스터에 slurm을 설치할 때 munge도 같이 설치되는데 munge는 서버-노드 간 인증과 관련된 프로그램이다. munge 프로그램 실행 시 사용자 munge 가 권한을 갖고 프로그램을 실행하게 된다. 각 노드 컴퓨터에서 사용자는 계정을 만들 때 부여된 고유의 번호로 구분되는데 만약 각 노드에 만들어진 munge 사용자가 다른 고유번호를 갖고 있으면 서로 정보를 주고 받을 때… Read More »
Quantum espresso 같은 DFT 방법의 주요 단점 중 하나는 밴드 갭을 과소 평가한다는 것이다. 이러한 과소평가는 자기 상호작용 에너지의 오류 때문에 발생하는 것으로 알려져 있다. 이러한 오류로 전자가 지나치게 비편재화되어 있는 것으로 계산되어 점유된 스테이트의 애너지가 위쪽으로 말려나게되고, 반도체 및 절연체의 밴드갭이 실제보다 훨씬 낮게 계산되는 결과를 가져온다. 예를 들자면 quantum Espresso로 계산한 NiO의 DOS응… Read More »
sudo Linux Ubuntu에 Quantum espresso for prallel을 설치하는 과정을 다음에 정리하였다. "Computational Physics Course"(https://osuginoissp.wixsite.com/mysite/a-install-quantum-espresso ") 에 있는 문서를 참조하였으며, QE 최신 version에 맞게 내용을 수정하였다. Ubuntu Beowuld Cluster에서 parallel computing 을 진행하기 위해서는 당연히 Beowulf cluster를 먼저 만들야 하며, 각각의 컴퓨터에서 에서 다음의 작업을 진행해 주어야 한다. 1. 먼저 다음의 기본 소프트웨어 패키지를 설치한다. sudo… Read More »
3대의 linux (ububtu 20.04) 컴퓨터를 서로 연결해 클러스터를 만드는 경우를 생각해보자. 그리고 글러스터 구성이 다음과 같이 되어 있다고 가정하자. master node: 모든 정보를 저장하고 job 수행을 지시 alpha node: 계산을 수행하는 컴퓨터 1 beta node: 계산을 수행하는 컴퓨터 2 1. 준비 작업 각 노드에 같은 버젼의 ubuntu를 설치한 후 필요한 pkg를 설치하고 ubuntu 및 os를… Read More »
Jupyter notebook에서 R을 실행하려면 다음과 같이 R kernel을 먼저 설치하여야 한다. 1. R 설치 먼저 freebsd 에 jupyter를 설치한다. 그리고 다음의 명령어로 R을 설치한다. # pkg update && pkg upgrade # pkg install R 2. git 설치 다음의 명령어로 git 를 설치한다. # pkg install bash # pkg install git 3. IRkernel 설치 Terminal /Shell에서… Read More »
Ubuntu 20.4에 jupyterlab을 설치하는 절차를 정리하였다. Web에 이미 여러 사람들이 설치과정을 발표해 놓았으니 인터네 검색을 통해 더 잘 정리되어 있는 순서를 찾아볼 수도 있겠다. 여기에는 본인이 TrueNAS Virtual Machine에 Ubuntu 20.4를 설치하고 jupyterlab을 설치한 과정을 정리하여 나중에 재설치를 하여야 할 때 참고하기 위해 정리해 놓았다. 1. Ubuntu 업데이트 # sudo apt update # sudo apt… Read More »
FreeNAS에 jupyter notebook을 설치하는 방법에 대해 정리하였다. 이 설치 방법은 Daniel Curtis 가 작성한 Install Jupyter Notebook on FreeBSD 에 기초하여 작성하였다. 1. FreeNAS에 Jail 설치 1) 먼저 FreeNAS 메뉴얼을 참조하여 jail을 설치한다. 2) 설치한 Jail로 login 한다. jail이 설치된 FreeBSD에서 테미날 앱을 실행시킨 후, 터미날에서 # jls 를 실행하여 설치된 jail list를 확인한 후,… Read More »
FAMP는 FreeBSD기반 웹서버에 사용되는 공유소프트인 Apache/Mysql/PHP를 말한다. 설치형 블로그 소프트웨어인 wordpress를 사용하려면 먼저 Apache/Mysql/PHP 를 설치하여야 한다. FreeBSD에 AMP (FAMP)는 다음과 같이 설치할 수 있다. 설치 방법은 인터넷 상에 잘 나와 있는데 여기에서는 How to install FAMP stack((Apache/MySQL/PHP) on FreeBSD 12 를 참조하였다. 1. 사전준비 FAMP를 설치하기에 앞서 FreeBSD 와 pkg를 업데이크 한다. freebsd-update fetch… Read More »
1. Homebrew 설치 다음의 명령문을 터미날에서 실행하여 homebrew를 설치한다. /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” 그리고 다음의 페키지를 설치한다. brew install wget brew install gcc gfortran fftw lapack openblas open-mpi eigen 2. Quantum Espresso 설치 2.1 소스 다운로드 적당한 위치에 소스를 다운로드 한다. 아래의 경우는 (나)/tmp 에 소스를 다운로드하는 경우이다. cd mkdir tmp cd tmp wget… Read More »