여기서는 ubuntu 24.04.1 에 aiida-quantumespresso 4.6 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. 관련 패키지 설치 다음과 같은 명령을 실행하여 필요한 pkg를 설치한다. $ sudo apt install git python3-dev python3-pip python3.12-venv $ sudo apt install postgresql postgresql-server-dev-all postgresql-client… Read More »
1. AIIDA 를 사용하여 단위정 설정하기 1.1 무결함 단위정 만들기 aiida-core 내의 StructureData 클라스를 이용해 결정 단위정을 설정할 수가 있다. 예로서 Diamond Cubic 구조를 가지며, cubic unit cell 내에 8개의 원자가 있는 Si 단위셀을 만들어 보자. 결정구조를 만들려면 먼저 관련 패키지를 import 해야한다 import numpy as np from aiida.orm import StructureData Si의 경우는 aLat =… Read More »
여기서는 ubuntu 22.04 에 aiida-quantumespresso 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-core에도 설치방법이 자세히 나와 있으나 직접 설치하며 겪었던 시행착오를 포함하여 작성하여 추후 다시 설치할 떄 참고하고자 한다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. aiida-core 설치 2.1 필요한 패키지 선설치 다음과 같은 명령을… Read More »
Quantum Espresso를 이용해 NiO 같은 물질의 DFT+U+V (Dudarev) 계산을 하기위해서는 pw.x 계산 input 으로 다음과 같은 parameters 를 설정하여야 한다. 자세한 계산과정은 youtube의 DFT+U+V tutorial을 참조하도록하자. . . &SYSTEM . . nspin = 2 lda_plus_u = .true. lda_plus_u_kind = 2 hubbard_v(1,1,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(2,2,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(3,3,1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(2) = 1.0000E-10… Read More »
Quantum Espresso를 이용해 NiO 같은 물질의 DFT+U 계산을 하기위해서는 pw.x input 으로 다음의 항목을 포한시켜야 한다. . . &SYSTEM lda_plus_u = .true. lda_plus_u_kind = 0 starting_magnetization(1) = 1.0000000000d+00 starting_magnetization(2) = -1.0000000000d+00 hubbard_u(1) = 1.000E-08 hubbard_u(2) = 1.000E-08 u_projection_type = 'atomic' . . ATOMIC_SPECIES Ni1 58.6934 ni_pbe_v1.4.uspp.F.UPF Ni2 58.6934 ni_pbe_v1.4.uspp.F.UPF O 15.9994 O.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF hubbard_u(1),hubbard_u(2) 에서 1,2… Read More »
결정의 구조는 나타내는 단위셀 내에는 보통 수개 ~ 십여개의 원자가 포함된다. 고체 내에 생성된 결정결함의 생성 에너지를 계산하기 위해서는 원자가 수십 \~ 수백 개가 포함되어 있는 셀에 대해 에너지를 계산해야 할 필요가 있는데 이렇게 많은 수의 원자가 포함하는 셀을 수퍼셀(super cell)이라고 한다. 수퍼셀은 기본적으로 unit cell을 이동벡터 방향으로 적층하려 만들 수가 있는데 여기서는 ase 모듈을… Read More »
ASE 모듈을 이용하여 결정구조 객체 만들기 jupyter notebook을 사용하는 경우를 가정하여 관련 내용을 정리하였다. 1. ASE 모듈 설치하기 먼저 Atomic Simulation Environment(ASE) 모듈과 spglib 모듈을 아래와 같은 방법으로 설치한다. 아래에 나오는 명령어드을 jupyter cell에 입력하고 실행한다. !pip install ase –user !pip install spglib –user 2. ASE 모듈 불러오기 결정구조를 만들기 전에 사용할 모듈을 불러온다. #… Read More »
0. 준비 클러스터에 slurm을 설치할 때 munge도 같이 설치되는데 munge는 서버-노드 간 인증과 관련된 프로그램이다. munge 프로그램 실행 시 사용자 munge 가 권한을 갖고 프로그램을 실행하게 된다. 각 노드 컴퓨터에서 사용자는 계정을 만들 때 부여된 고유의 번호로 구분되는데 만약 각 노드에 만들어진 munge 사용자가 다른 고유번호를 갖고 있으면 서로 정보를 주고 받을 때 문제가 발생하게… Read More »
Quantum espresso 같은 DFT 방법의 주요 단점 중 하나는 밴드 갭을 과소 평가한다는 것이다. 이러한 과소평가는 자기 상호작용 에너지의 오류 때문에 발생하는 것으로 알려져 있다. 이러한 오류로 전자가 지나치게 비편재화되어 있는 것으로 계산되어 점유된 스테이트의 애너지가 위쪽으로 말려나게되고, 반도체 및 절연체의 밴드갭이 실제보다 훨씬 낮게 계산되는 결과를 가져온다. 예를 들자면 quantum Espresso로 계산한 NiO의 DOS응… Read More »
Linux Ubuntu에 Quantum espresso for prallel을 설치하는 과정을 다음에 정리하였다. "Computational Physics Course" 에 있는 문서를 참조하였으며, QE 최신 version에 맞게 내용을 수정하였다. Ubuntu Beowuld Cluster에서 parallel computing 을 진행하기 위해서는 당연히 Beowulf cluster를 먼저 만들야 하며, 각각의 컴퓨터에서 에서 다음의 작업을 진행해 주어야 한다. 1. 먼저 다음의 기본 소프트웨어 패키지를 설치한다. sudo apt-get install… Read More »