FreeBSD에서 jail 을 설치한 후 업버젼된 FreeBSD가 출시되는 경우에, 보안능력 또는 성능을 개선하기 위해 jail 내에 설치된 freebsd 도 업그레이드 하고 싶을 때가 있다. 만약 iocage로 jail을 관리하고 있다면 다음과 같은 방법으로 jail 내 freebsd를 업그레이드 할 수 있다. 1. 업그레이드 할 버젼의 Jail 다운로드 하기 먼저 다음의 명령을 실행하여 업그레이드 버젼을 받도록 하자. $… Read More »
FreeBSD 를 설치한 후에 다음과 같은 명령 또는 셋업을 해주면 좋다. 1. FreeBSD 최신화 하기 FreeBSD를 최신화 하려면 root 권한으로 다음의 명령을 실행한다. # freebsd-update fetch # freebsd-update install 그리고 ports 를 최신화한다. # pkg update # pkg upgrade 2. 편집기와 bash 설치 편집기로는 nano 또는 vim 이 많아 사용되고, 만약 Bourne Again Shell 을… Read More »
0. 준비 클러스터에 slurm을 설치할 때 munge도 같이 설치되는데 munge는 서버-노드 간 인증과 관련된 프로그램이다. munge 프로그램 실행 시 사용자 munge 가 권한을 갖고 프로그램을 실행하게 된다. 각 노드 컴퓨터에서 사용자는 계정을 만들 때 부여된 고유의 번호로 구분되는데 만약 각 노드에 만들어진 munge 사용자가 다른 고유번호를 갖고 있으면 서로 정보를 주고 받을 때 문제가 발생하게… Read More »
Linux Ubuntu에 Quantum espresso for prallel을 설치하는 과정을 다음에 정리하였다. "Computational Physics Course" 에 있는 문서를 참조하였으며, QE 최신 version에 맞게 내용을 수정하였다. Ubuntu Beowuld Cluster에서 parallel computing 을 진행하기 위해서는 당연히 Beowulf cluster를 먼저 만들야 하며, 각각의 컴퓨터에서 에서 다음의 작업을 진행해 주어야 한다. 1. 먼저 다음의 기본 소프트웨어 패키지를 설치한다. sudo apt-get install… Read More »
3대의 linux (ububtu 20.04) 컴퓨터를 서로 연결해 클러스터를 만드는 경우를 생각해보자. 그리고 글러스터 구성이 다음과 같이 되어 있다고 가정하자. master node: 모든 정보를 저장하고 job 수행을 지시 alpha node: 계산을 수행하는 컴퓨터 1 beta node: 계산을 수행하는 컴퓨터 2 1. 준비 작업 각 노드에 같은 버젼의 ubuntu를 설치한 후 필요한 pkg를 설치하고 ubuntu 및 os를… Read More »
Jupyter notebook에서 R을 실행하려면 다음과 같이 R kernel을 먼저 설치하여야 한다. 1. R 설치 먼저 freebsd 에 jupyter를 설치한다. 그리고 다음의 명령어로 R을 설치한다. # pkg update && pkg upgrade # pkg install R 2. git 설치 다음의 명령어로 git 를 설치한다. # pkg install bash # pkg install git 3. IRkernel 설치 Terminal /Shell에서… Read More »
Ubuntu 20.4에 jupyterlab을 설치하는 절차를 정리하였다. Web에 이미 여러 사람들이 설치과정을 발표해 놓았으니 인터네 검색을 통해 더 잘 정리되어 있는 순서를 찾아볼 수도 있겠다. 여기에는 본인이 TrueNAS Virtual Machine에 Ubuntu 20.4를 설치하고 jupyterlab을 설치한 과정을 정리하여 나중에 재설치를 하여야 할 때 참고하기 위해 정리해 놓았다. 1. Ubuntu 업데이트 # sudo apt update # sudo apt… Read More »
FreeNAS에 jupyter notebook을 설치하는 방법에 대해 정리하였다. 이 설FreeNAS에 jupyter notebook을 설치하는 방법은 Daniel Curtis 가 작성한 Install Jupyter Notebook on FreeBSD 에 기초하여 작성하였다. 1. FreeNAS에 Jail 설치 1) 먼저 FreeNAS 메뉴얼을 참조하여 jail을 설치한다. 2) 설치한 Jail로 login 한다. jail이 설치된 FreeBSD에서 테미날 앱을 실행시킨 후, 터미날에서 # jls 를 실행하여 설치된 jail… Read More »
FAMP는 FreeBSD기반 웹서버에 사용되는 공유소프트인 Apache/Mysql/PHP를 말한다. 설치형 블로그 소프트웨어인 wordpress를 사용하려면 먼저 Apache/Mysql/PHP 를 설치하여야 한다. FreeBSD에 AMP (FAMP)는 다음과 같이 설치할 수 있다. 설치 방법은 인터넷 상에 잘 나와 있는데 여기에서는 How to install FAMP stack((Apache/MySQL/PHP) on FreeBSD 12 를 참조하였다. 1. 사전준비 FAMP를 설치하기에 앞서 FreeBSD 와 pkg를 업데이크 한다. freebsd-update fetch… Read More »
1. Homebrew 설치 다음의 명령문을 터미날에서 실행하여 homebrew를 설치한다. /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” 그리고 다음의 페키지를 설치한다. brew install wget brew install gcc gfortran fftw lapack openblas open-mpi eigen 2. Quantum Espresso 설치 2.1 소스 다운로드 적당한 위치에 소스를 다운로드 한다. 아래의 경우는 (나)/tmp 에 소스를 다운로드하는 경우이다. cd mkdir tmp cd tmp wget… Read More »