1. AIIDA 를 사용하여 단위정 설정하기 1.1 무결함 단위정 만들기 aiida-core 내의 StructureData 클라스를 이용해 결정 단위정을 설정할 수가 있다. 예로서 Diamond Cubic 구조를 가지며, cubic unit cell 내에 8개의 원자가 있는 Si 단위셀을 만들어 보자. 결정구조를 만들려면 먼저 관련 패키지를 import 해야한다 import numpy as np from aiida.orm import StructureData Si의 경우는 aLat =… Read More »
수퍼셀 (supercell) 만들기 결정의 구조는 나타내는 단위셀 내에는 보통 수개 ~ 십여개의 원자가 포함된다. 고체 내에 생성된 결정결함의 생성 에너지를 계산하기 위해서는 원자가 수십 \~ 수백 개가 포함되어 있는 셀에 대해 에너지를 계산해야 할 필요가 있는데 이렇게 많은 수의 원자가 포함하는 셀을 수퍼셀(super cell)이라고 한다. 수퍼셀은 기본적으로 unit cell을 이동벡터 방향으로 적층하려 만들 수가 있는데… Read More »
ASE 모듈을 이용하여 결정구조 객체 만들기 jupyter notebook을 사용하는 경우를 가정하여 관련 내용을 정리하였다. 1. ASE 모듈 설치하기 먼저 Atomic Simulation Environment(ASE) 모듈과 spglib 모듈을 아래와 같은 방법으로 설치한다. 아래에 나오는 명령어드을 jupyter cell에 입력하고 실행한다. !pip install ase –user !pip install spglib –user 2. ASE 모듈 불러오기 결정구조를 만들기 전에 사용할 모듈을 불러온다. #… Read More »