Python package 를 소스코드로 부터 설치하고자 할 떄는 다음의 절차를 따른다. 1. Package 소스를 다운 받기 만약 package 소스가 git 에 있다면 다음의 명령으로 소스를 다운 받는다. $ git clone git_link $ cd src_directory 2. package 설치 하기 python2 의 경우 $ python setup.py install python3의 경우 $ python -m pip install .
여기서는 ubuntu 24.04.1 에 aiida-quantumespresso 4.6 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. 관련 패키지 설치 다음과 같은 명령을 실행하여 필요한 pkg를 설치한다. $ sudo apt install git python3-dev python3-pip python3.12-venv $ sudo apt install postgresql postgresql-server-dev-all postgresql-client… Read More »
If your want to compile code or install ports in ghostbsd, you should install devtools first. $ sudo pkg install os-generic-userland-devtools Then you move to the appropriate port directory in /usr/ports. $ cd /usr/ports/science/XXX Then change user to root $ su – Finally compile and install port. $ make $ make install
여기서는 macOS sonoma에 quantum espresso 7.3을 설치하는 방법에 대해 설명한다. 이전의 글 "macOS Catalina에 Quantum Espresso 6.7 설치하기" 에서 사용하였던 방법으로는 sonoma에 QE를 설치 할 수가 없어 MatriApps 에 소개되어 있는 Homebrew and the MateriApps Installer 를 사용하여 설치하는 방법을 정리한다. 참고로 여기에 정리한 방법은 "How to install Quantum ESPRESSO on macOS using MateriApps Installer"… Read More »
nextcloud에 파일을 업로드하고자 할 때, web interface 를 통하거나 webDAV를 사용하여 업로드 할 수 있느나, 파일의 수가 많은 경우에는 업로드 속도가 느려 시간이 오래 걸리는 것이 항상 걸림돌이었다. 그리고 ftp를 사용하면 파일을 nextcloud의 files 디렉토리로 빠르게 업로드 할 수는 있으나, 업로드 된 파일이 web interface 상에 나타나지 않아 사용에 어려움이 있었다. 그런데 이런 경우에 files… Read More »
클러스터에 속해있는 여러대의 컴퓨터를 같은 상태로 설정하기위해 같은 작업을 반복해야 할 경우가 있다. 이같이 같은 작업을 반복해 진행하는 것이 지루하기도 하지만, 실수가 발생할 가능성도 높다. 여러개의 컴퓨터에 같은 명령을 전달해 수행토록하게 하는 기구로 cluster ssh 가 있다. 여기서는 macOS에서 cluster ssh를 설치하여 cluster에 속한 컴퓨터를 동시에 설정하는 방법에 대해 정리하였다. 1. 클러스터 ssh 설치 먼저… Read More »
1. AIIDA 를 사용하여 단위정 설정하기 1.1 무결함 단위정 만들기 aiida-core 내의 StructureData 클라스를 이용해 결정 단위정을 설정할 수가 있다. 예로서 Diamond Cubic 구조를 가지며, cubic unit cell 내에 8개의 원자가 있는 Si 단위셀을 만들어 보자. 결정구조를 만들려면 먼저 관련 패키지를 import 해야한다 import numpy as np from aiida.orm import StructureData Si의 경우는 aLat =… Read More »
대표적인 Single Board Computer(SBC) 인 라즈베라파이 CM4를 구매하여 시스템을 꾸며 보았다. CM4 는 32 GB eMMC Flash memory 가 내장되어 있어 OS (ubuntu) 를 설치할 수 있으나 용량이 적어 다른 앱을 설치하거나 사용 데이타가 커지면 금방 디스크가 차게 된다. 이를 극복하기 위해 캐리어 보드에 M.2 ssd를 설치하고 M.2 디스크에서 부팅하게 하는 방법을 정리하였다. 1. eMMC… Read More »
여기서는 ubuntu 22.04 에 aiida-quantumespresso 설치하는 방법에 대하여 정리하였다. aiida-core에도 설치방법이 자세히 나와 있으나 직접 설치하며 겪었던 시행착오를 포함하여 작성하여 추후 다시 설치할 떄 참고하고자 한다. aiida-quantum espresso대한 내용은 여기를 참조한다. 1 quantum espresso 설치 먼저 Quantum espresso를 설치해야 하는데 방법에 대해서는 이전 posting을 참조한다. 2. aiida-core 설치 2.1 필요한 패키지 선설치 다음과 같은 명령을… Read More »
Quantum Espresso를 이용해 NiO 같은 물질의 DFT+U+V (Dudarev) 계산을 하기위해서는 pw.x 계산 input 으로 다음과 같은 parameters 를 설정하여야 한다. 자세한 계산과정은 youtube의 DFT+U+V tutorial을 참조하도록하자. . . &SYSTEM . . nspin = 2 lda_plus_u = .true. lda_plus_u_kind = 2 hubbard_v(1,1,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(2,2,1) = 1.0000E-10 hubbard_v(3,3,1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(1) = 1.0000E-10 starting_magnetization(2) = 1.0000E-10… Read More »